La Asamblea General es el órgano soberano de gobierno de la Federación. Está integrada por todos los miembros con Asociación legalizada. Cada Asociación posee un número de votos equivalente a los asociados que posee.
Los órganos de gobierno entre asambleas son la Junta directiva, compuesta por ocho representantes, y el Comité de Dirección y la Secretaría adscritos a la presidencia, que llevan la gestión cotidiana de la FIU. Todos los cargos de dirección y ejecutivos son estatutariamente voluntarios no remunerados.
En este sentido, la FIU reunida en Asamblea General el día 25 de abril de 2022, aprobó por unanimidad la siguiente Comisión Ejecutiva, para el período 2022-2026.
